La raccolta dei campioni rappresenta un momento determinante per il corretto isolamento dei microrganismi responsabili delle varie infezioni.
 

Per qualunque tipo di campione da esaminare devono essere tenute in considerazione le seguenti regole:

- Il campione deve essere prelevato in contenitori sterili e dispositivi che permettano la sopravvivenza dei microrganismi
 

-  Deve essere prelevato prima della somministrazione di antibiotici.

-  Per campioni raccolti non in Laboratorio questi devono essere consegnati entro 2 ore dalla raccolta o se non possibile, conservati a 2-8° per non oltre 24 ore.

- Per i campioni raccolti mediante tamponi questi devono essere con terreno di trasporto (Amies o Stuart).